siswa-siswi SMK Muhammadiyah 5 Gresik menjalankan proses pendidikan melalui dua jalur program pengajaran yakni secara formal di bangku sekolah SMA Muhammadiyah 5 Gresik, dan secara non formal di Pondok Pesantren Al Madinatul Ilmi yang juga berada satu lingkungan.
dalam kegiatan Pondok Pesantren madinatul ilmi 2, selain diajarkan materi ilmu ilmu fiqh, juga diajarkan muhadloroh, tarikh islam serta materi keagamaan yang lain, juga proses kebersamaan dan kemandirian saling merasakan suka dan dukanya selama tinggal jauh dari rumah dan orang tua.
disinilah, mental siswa SMK Muhammadiyah 5 Gresik benar benar dibangun dan dibentuk serta dipersiapkan menjadi keder bangsa yang bermental siap pakai serta mandiri dalam segala hal.
